Mikroskopům, které využívají procházející světlo, se říká biologické mikroskopy, ačkoliv tento typ nachází uplatnění i v mnoha jiných vědních oborech (mikroelektronika, geologie, lékařství, biologie atd.). Tyto školní mikroskopy jsou velmi oblíbené i mezi amatérskými badateli – mnohým připadá zajímavější pozorovat zvětšený předmět na vlastní oči než v digitální podobě. Biologické mikroskopy umožňují pozorování průhledných a poloprůhledných předmětů. Díky doplňkovým modulům můžete využít tradiční metody změny kontrastu obrazu.